Le plus gros problème c'est effectivement le lexique. La syntaxe du moyen français est un peu bordélique, y a encore des traces de périphrases et de liberté dans l'ordre des mots qui sentent encore son moyen-âge retardé, mais le tout est en cours de fixation, à part deux trois passages vraiment très obscurs - les prophéties tout ça - ça se fait bien avec un minimum d'application.
Limite je te conseillerais de prendre les éditions, fréquentes avec Rabelais, où t'as une page de texte en original / une page de notes en vis-à-vis. Elles sont beaucoup trop érudites parfois, faut piocher, mais le souci avec Rabelais c'est que y a pas une ligne de son texte qui ne soit pas une référence ou une réécriture plus ou moins distante d'un texte médiéval ou de l'antiquité, c'est vraiment d'une complexité épouvantable, et même si parfois l'histoire et le discours se tiennent au premier degré sans que t'aies besoin de cette connaissance, d'autres passages semblent simplement des tartines d'absurdité inutiles et sans aucun sens sans ces commentaires.