En 1560, les Indiens ayant inventé la légende d´Eldorado pour se débarrasser des Espagnols, une expédition mené par Pizarro est mise sur pied afin de trouver le village doré. Mais au fur et à mesure qu´ils s´embourbent dans la forêt amazonienne, ils ne trouvent rien et commencent à manquer de vivres... Alors une poignée d´hommes commandée par Ursua, secondé par Aguirre ( Kinsky), est envoyé sur des radeaux en aval de l´Amazone afin de trouver la cité mythique. S´ils reviennent avant quarante jours ils continueront l´expédition, s´ils ne reviennent pas, le reste de l´expédition rebroussera chemin.
Mais sur l´Amazone, pendant la nuit, sur un des radeau, des Espagnols tirent, et ce n´est qu´au matin qu´on voit les corps des Conquistadors, tous morts, tués par des flèches empoisonnées... Alors ils comprennent qu´ils sont entourés par des Indiens, cannibales en plus. Ursua propose de retourner au camp principal, mais Aguirre, qui est un fou qui veut s´approprier Eldorado, se mutine, et fait pendre Ursua.
Et toute la suite n´est que la quête d´un endroit qui n´existe pas menée par un fou, contre des ennemis invisibles, et puis ça finit comme le régime nazi avec le taré qui est debout tout seul au milieu des morts...
Je dis pas tout sinon c´est dommage!