L'histoire est un peu compliqué et certains éléments sont sujets à interprétation.
En gros tu as deux partis qui s'affrontent :
- le camp des dieux et de Frampt
- Kaathe, l'autre serpent, et ses spectres sombres
Les dieux et Frampt veulent faire perdurer l'âge du feu, selon la volonté de Gwen qui s'est déjà sacrifié il y a 1000 ans pour entretenir le Feu qui s'éteint inexorablement.
Kaathe veut mettre un terme un terme à l'âge pour commencer une nouvelle ère, exactement comme quand les dieux ont affronté et vaincu les dragons. Pour lui, il faut maintenant abattre les dieux pour laisser la place à un nouveau maître pour ce monde.
Les deux camps essayent de te rallier au cours du jeu. A toi le joueur de te laisser séduire ou non, de discerner les mensonges et les manipulations. En effet, les moins honnêtes ne sont pas forcément ceux qu'on croit. Le camp de des dieus et de Frampt se fait passer pour les gentils, mais en fait ils veulent que tu te sacrifies pour servir leurs intérêt. Si tu les suis, tu succèdes bien à Gwen, mais pas vraiment en tant que roi des dieux...