1) Rei est le clone physique de Yui, mais son âme est celle de Lilith. L'âme de Yui est restée dans l'Eva 01.
2)Les détails autour du "Plan de complémentarité" sont flous, voire inexistants (peut être simplement parce que Hideaki Anno n'en avait pas plus d'idées lui-même).
Ce qu'on sait en tout cas est que Gendo cherche à être uni avec l'âme de Yui, une vision très personnelle de la Complémentarité, tandis que la Seele ne semble souhaiter qu'une fusion impersonnelle de tous les êtres humains. Gendo semble vouloir leur "voler" le projet de fusion humaine, afin de devenir lui-même le catalyseur du processus (et pouvoir donc revivre avec Yui).
Le plan de Gendo passe de tout évidence par Rei/Lilith, qu'il semble tenter d'influencer pour qu'a la fin, elle le choisisse pour être le réceptacle de la Complémentarité.
Mais comme vu dans le film, Rei laisse tomber Gendo et donne à Shinji le pouvoir d'initialiser le Third Impact (ou il choisit dans un premier lieu l'annihilation de toute individualité humaine).
La "méthode" de Gendo ne semble pas tant technique (même selon le plan de la Seele, il faut "ressusiter" les divinités Adam et Lilith et les faire fusionner au genre humain), qu'idéologique (c'est à dire, Gendo en tant que maitre du Third Impact, qui pourra choisir d'unir son âme à celle de Yui).
Tout ce dont semble se préoccuper Gendo, c'est de ramener Yui, mais il ne précise jamais quelles sont ses intentions concernant le sort du reste de l'humanité.
En tout cas, le fait que Gendo essaye de se débarasser de la Lance de Longinus peut indiquer qu'il ne tient pas tant à ce qu'une fusion de tout le genre humain se réalise...
3) Adam est là comme l'entité progénitrice des Anges, et comme un dieu que les humains veulent s'approprier pour devenir eux-même des dieux. C'est plus un symbol qu'autre chose.