Le plan de complémentarité n'est utile qu'à partir du moment ou les anges ont gagné. Le dernier ange meurt, fin du problème, les deux derniers épisodes ne sont qu'une thérapie consacré aux différents membres de la NERV, et surtout de shinuji. En ce sens la véritable fin est celle ou il accepte qui il est, et finit par prendrree conscience qu'il a besoin des autres autant que lui. Même si c'est fantasmé son futur n'est autre que celui qu'on voit quand il est réveillé par azuka (sauf que là sa mère ne seras plus là, de même que son pote finiras en charpie). C'est du reste pour ça que le manga est fidèle à l'anime, il montre le post guerre des anges, shinji est décomplexé, il vit heureux avec son père, rei, et azuka. Il s'est accepté lui même point.
Les deux derniers épisodes n'ont rien à voir avec le destin de l'humanité, c'est juste une psychanalyse de shinji, par les membres de la nerv (boosté par les représentations matériel de ses proches morts). Rien de moins, rien de plus, en cela la vrai fin c'est l'épisode 24 si on veut, les deux autres servant juste à montrer comment shinji s'en sort mentalement.