Fais tourner ton effectif, moi j´ai 18/20 joueurs et je me suis arrangé pour prendre des remplaçants polyvalents qui peuvent faire plusieurs postes (MG et MD par exemple).
Comme ca si mon MD ou mon MG est crevé alors je fais jouer son remplaçant à la place, si les deux sont fatigués alors je fais jouer le moins fatigué avec le remplaçant (un joueur trop crevé à plus de risques de blessures), après je vois en fonction de l´état global de mes joueurs.
Si jamais mes remplaçants ne suffisent pas alors je pioche dans mon équipe reserve pour compenser mais ca ne m´est jamais arrivé.
Et puis ce n´est pas dramatique, les matchs de coupe de france et de ligue des champions ne se déroulent pas chaque semaine, tu peux gérer toutes les compétitions si tu as assez de joueurs (entre 18 et 22 au moins). Tout est dans la manière de gérer tes joueurs sur le terrain (comme faire des remplacements pendant le match).