The Legend of Zelda : the Phantom Hourglass est la suite directe de The legend of Zelda : the Wind Waker. Après l'enlèvement de Tétra par un bateau pirate, Link repart jouer les sauveurs en parcourant les mers à sa recherche avec Ciela, une fée amnésique. Exit le Lion Rouge, bonjour le bateau à vapeur, le joueur doit utiliser l'écran tactile pour tracer son chemin et annoter les cartes des donjons.