Un paquet orphelin, c'est un paquet dont rien ne dépend. Ce n'est pas pour autant que le paquet est inutile. N'importe quelle application que tu installes est en générale orpheline avec cette définition.
Heureusement, aptitude tague les paquets que tu as explicitement installé (c'est à dire ceux qui apparaissent dans des lignes de commandes après 'aptitude install') de façon à faire le tri entre ce que tu as demandé et ce qui a été installé pour les besoins de la cause. Je t'avoue que je n'ai aucune idée de la façon dont synaptic gère ce point (à la base, il s'appuyait sur apt-get et ne gérait simplement pas, mais ça a du évoluer).
Bref, malgré les précautions d'aptitude, il arrive que tu ais besoin d'un paquet orphelin. Denier cas en date pour ma part, j'ai voulu compilé moi-même une application (qui n'est plus maintenu dans la debian) et j'ai utilisé 'apt-get build-dep' pour récupérer les paquets de nécessaire à la compilation. Comme je ne suis pas passé par aptitude, la plupart des paquets installé comme ça sont devenu orphelins. (j'ai corrigé après coup en 'aptitude installant' les paquets comme il faut).