Pour ma part, voici mon hypothèse :
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Danzô a été un cobaye d'Orochimaru c'est la raison pour laquelle celui-ci souhaite retrouver Kabuto.
Lors d'une expérience, Orochimaru aurait tenté sur un cobaye (Danzô en l'occurence) d'insérer un sharingan à la place d'un oeil normal afin que si cette transplantation réussisse, il se la fasse lui même afin d'obtenir le Sharingan qu'il souhaite tant.
L'expérience aurait plus ou moins ratée et tout comme Kakashi, Danzô ne peux profiter du Sharingan à 100% mais arrive tout de même à s'en servir...
Pour la partie caché de son corps, je pense (toujours selon ma théorie) que Orochimaru a voulu lui mettre quelque chose le rendant plus puissant dans le corps (Marque maudite ?)
Danzô aurait réussi à filer à travers les griffes d'Orochimaru et serait retournée à Konoha dans l'idée avec son nouveau pouvoir d'attendre le bon moment pour devenir Hokage.
Ce qui me turlupine, c'est que ma théorie est improbable car Orochimaru et Danzô ne sont pas exactement de la même époque du fait que Danzô aurait pu être son sensei mais bon...