Metroid Prime est un jeu d'action en vue à la première personne qui vous met dans la peau de la célèbre chasseuse de primes, Samus. Une matière inconnue du nom de Phazon s'écrase sur la planète Tallon IV et y détruit la faune et la flore. Des pirates de l'espace tentent de contrôler le Phazon, Samus essaie de les en empêcher.