"Oui désolé, mais pour moi ce sigle est un peu une insulte, car pour moi FPS = jeu de gamin sans scénario dont le but ultime consiste à trucider le mec d'en face"
Désolé pour toi plutôt, t'es passé à coté de plein de grands jeux avec ta vision réductrice du genre FPS 
Ça te dis quelque chose S.T.A.L.K.E.R. ?
C'est triste d'ailleurs de voir que t'es loin d'être le seul comme ça, on en a eu des discussions du genre sur ce forum...
"Pixel considère même les phases en 3ème personne comme un point négatif..."
Bien évidemment, ce n'est jamais admis par les fans de troisième personne, mais il n'y a pas mieux que la vue à la première personne pour l'immersion, quoi que certains en pensent, les Deus Ex étant des FPS, celui-ci aurait dû en rester un à 100%. C'est effectivement un point négatif, on arrive à faire avec grâce aux énormes qualité du jeu mais on aurait préféré du 100% FPS.
"Comment un jeu d'infiltration, puisant certaines références dans MGS peut-il être un...gnnnn... FPS ? (désolé, j'ai du mal à mettre le mot FPS et MGS dans la même phrase)"
les Thief sont les meilleurs jeux d'infiltration existants, incontestablement, et ce sont des full-FPS.
Tu as du mal à te l'imaginer simplement parce que tu as trop l'habitude de la vue TPS.
Quant à MGS, il n'a pas inventé le genre et DX ne va rien y puiser.
"Ma question : Deus Ex est il un jeu disposant d'une réelle profondeur (ce dont à nouveau le genre FPS me fait douter, comment s'attacher à un perso qu'on ne voit jamais ?) ou est-ce encore un banal jeu de shoot qui se fait passer pour un pseudo RPG/metal gear like."
Oui, y'a une réelle profondeur et Deus Ex à lui tout seul est supérieur à la saga MGS entière (aussi excellente soit-elle) il est considéré comme le meilleur jeu de tous les temps, celui-ci (DX:HR) étant, d'après à peu près tout le monde, le digne successeur de Deus Ex 1, t'as pas à t'en faire concernant sa qualité.
Quant à l'attachement à un perso qu'on ne voit jamais, déjà, tu le vois beaucoup dans DX:HR, malheureusement mais heureusement pour toi donc tu n'auras pas de problème à ce niveau là 
Dans un FPS banal par contre, tu n'as même pas besoin de t'attacher au personnage, tu te joues toi-même (avec une apparence différente mais bon ^^)
Ici, dans DX:HR, tu vas t'y attacher certainement avant tout dans les dialogues, sa façon de parler, de réagir.
Et pour finir, Deus Ex n'est pas un "FPS, point" c'est un RPG avec une vue FPS 
On peut dire que c'est un RPG/FPS (plus qu'un FPS/RPG d'ailleurs)