C'est normal puisque le troisième volet ne termine pas l'arc de Cylia d'Anémos et qu'il y a une série de contre-sens qui sont faits comme la Psynergie du pirate de l'équipe qui a complètement changé entre le 2 et le 3. De plus, la frustration des nombreux points de non retour et le fait de rouvrir un nouvel arc scénaristique sans le terminer, associé aux-non réponses reçues pour les vétérans ne plaide pas en sa faveur. Pour bien des fans, il reste largement en dessous des deux premiers volets qui réussissaient, comme un bon roman policier, à dérouter le joueur malgré leur durée de vie plutôt courte pour conduire vers des dénouements inattendus (voir la fin de GS2 avec l'explication pour le fameux Golden Sun qui donne son titre au jeu alors que personne n'en n'avait parlé jusque là).
Normalement, dans le troisième opus, "on" s'attendait à visiter Anémos, à rencontrer les parents de Cylia mais il n'en n'est rien. En fait, après avoir joué aux deux premiers, on suppose des interventions d'Alex à la Palpatine en jouant astucieusement ses pions mais on n'a aucun élément probant qui font la force antérieure d'un Alex et le mystère s'épaissit dans ce volet au lieu de s'éclaircir. Voilà pourquoi peu de "vrais" fans des GS ont apprécié ce troisième volet : il n'a pas répondu à leurs attentes et ont bien plus eu l'impression de jouer à un jeu casualisé usurpant les lettres d'or de GS qu'à une véritable suite.