L'art martial ninja regroupe plusieurs styles de combat différents qui sont répertoriés ici.

Ninjutsu

Il rassemble toutes les techniques spéciales relatives à la nature du chakra, comme décrit sur la page précédente. Certaines peuvent être utilisées pour l'attaque, d'autres pour la défense ou pour l'évasion. Dans Naruto, la plupart des techniques de ninjutsu sont spécifiques à tel ou tel personnage.

Taijutsu

Ce terme désigne l'art du combat à mains nues. Tous les ninjas sont capables de recourir au taijutsu, mais certains en ont fait leur spécialité, comme Gai et son disciple Rock Lee. Le taijutsu enseigné par Gai est complètement différent de celui du clan Hyûga auquel appartient Neji. Le premier consiste à porter des dommages physiques externes en brisant les os et en ouvrant des plaies dans le corps de son adversaire, c'est le Goken (poing fort). Le second vise les organes et dévaste l'intérieur du corps, c'est le Jûken (poing souple).

Genjutsu

C'est l'art de produire des illusions. Les arcanes du genjutsu visent les cinq sens de l'être humain (la vue, l'ouïe, l'odorat, le toucher et le goût) pour les abuser. Le genjutsu peut prendre de multiples formes et se retrouve par exemple dans la musique de Tayuya ou le Mangekyô Sharingan d'Itachi. C'est une technique mentale de ninjutsu de très haut niveau qui implique de savoir contrôler le chakra qui circule dans les nerfs crâniens. Elle consiste à prendre le contrôle du flux de chakra qui circule dans la tête de l'adversaire et ne peut être contrée que si l'adversaire bloque son flux de chakra et le relâche d'un coup pour échapper à l'étreinte du genjutsu. Un tiers peut également intervenir pour libérer la victime du genjutsu en le touchant pour déverser en lui son propre chakra afin de perturber le flux initial. Les adeptes du genjutsu sont donc plus vulnérables lors des attaques groupées.

Dôjutsu

C'est l'art d'utiliser les pupilles. L'auteur nous en a déjà révélé trois formes différentes : le Sharingan, le Byakugan et le Rinnegan.

Le Sharingan est un iris spécial qui permet d'analyser instantanément toutes les attaques de genjutsu et de ninjutsu pour pouvoir les contrer. Il permet aussi à son possesseur de copier les techniques de ses adversaires. C'est un attribut génétique que seuls possèdent quelques rares membres du clan Uchiha, auquel vient s'ajouter Kakashi pour une raison qui nous est révélée dans un chapitre bonus du manga. Dans le cas des techniques de taijutsu, le Sharingan parvient à les lire à l'avance mais pas assez rapidement pour pouvoir les contrer.

Le Byakugan est l'oeil blanc qui se transmet de manière héréditaire dans la famille Hyûga à laquelle appartiennent Neji et Hinata. Il est supérieur au Sharingan en termes de capacité de discernement et d'analyse. Il permet en effet d'analyser les mouvements les plus imperceptibles de l'adversaire pour lire en lui comme dans un livre ouvert. Le Byakugan des Hyûga leur permet de visualiser parfaitement les flux de chakra qui relient les organes entre eux.

Le Rinnegan prend la forme d'un iris en spirale et est considéré comme le plus fort des trois dôjutsu. Il n'est pas évoqué avant le chapitre 373 du manga donc on n'en dira pas plus ici.

Le Sharingan et le Byakugan font partie des techniques héréditaires (kekkei genkai) transmises de génération en génération. Elles sont d'ordre génétique et ne peuvent être utilisées que par ceux qui sont membres du clan. Les jutsu qui combinent plusieurs éléments, comme la glace (eau + vent) ou le bois (terre + eau), sont également considérés comme faisant partie des kekkei genkai.

Il existe encore d'autres formes de Ninjutsu plus spécifiques, comme :

Le Fûinjutsu

C'est l'art de sceller une entité à l'intérieur d'un être humain. Il permet aussi de neutraliser une ou plusieurs parties du corps humain. Le Shikifûjin : l'emprisonnement des morts, utilisé par le troisième Hokage contre Orochimaru et par le quatrième Hokage sur Kyûbi, en est un bon exemple. Cette technique interdite entraîne systématiquement la mort de son utilisateur. Pour l'utiliser, il faut en effet avoir signé un pacte avec le dieu de la mort et accepter que son âme soit dévorée aussitôt que le sceau est apposé. Une main sort alors du corps de l'utilisateur et transperce la victime pour sceller son âme.

Le Jûinjutsu

C'est l'art d'infliger une malédiction en apposant un sceau maudit sur le corps d'un être humain. Il est utilisé par Orochimaru qui appose sa marque maudite sur les corps d'Anko et de Sasuke.

Le Kuchiyose no jutsu

Il s'agit de l'ensemble des techniques d'invocation. Le Kuchiyose permet d'invoquer à n'importe quel moment tout être vivant avec qui l'utilisateur a signé un pacte. On en trouve quelques exemples assez frappants avec Gama Bunta (le crapaud de Jiraiya), Katsuyu (la limace de Tsunade), Manda (le python lié à Orochimaru) ou encore Enma (le roi des singes lié à Sandaime).