Contrairement à ce que les aspirants ninjas s'imaginent, le rôle d'un ninja de Konoha ne devient réellement dangereux et palpitant que lorsque ce dernier a atteint un certain niveau. Un système hiérarchique, établi en fonction des capacités de chacun, permet ainsi de différencier les ninjas les plus expérimentés des simples aspirants. Après avoir appris les bases du Ninjutsu à l'académie, les élèves peuvent obtenir le rang de Genin (classe inférieure) et gagner le droit de porter le bandeau frontal au terme d'un examen pratique et écrit. Une fois devenus des ninjas de rang inférieur, ils peuvent accomplir des missions de rang C et D. Il leur faudra attendre de devenir Chûnin pour accéder aux missions de rang B. Le diplôme de Chûnin (classe moyenne) implique trois épreuves éliminatoires (survie, volonté et combat devant un jury). L'élite ninja est représentée par les Jônin (classe supérieure), qui sont désignés par leurs pairs ou par le Hokage lorsque ces derniers les estiment suffisamment capables de mériter ce titre.

Il va de soi que les missions qui sont attribuées aux ninjas sont choisies en fonction du niveau et des capacités de chacun. Ainsi, avant de se voir confier des missions d'espionnage, d'assassinat ou des missions d'ordre militaire, un ninja doit passer par des tâches beaucoup moins prestigieuses. Un Genin se verra par exemple contraint d'aider à récolter des pommes de terre, de jouer les baby-sitters, d'aller faire une course au village voisin ou de retrouver un chat perdu. Evidemment, tout ça ne plaît guère à Naruto qui brûle de sauter les étapes pour passer directement aux choses sérieuses. Son impatience lui vaudra tout de même d'obtenir rapidement une mission de rang C, consistant à escorter un charpentier jusqu'au pont situé en dehors du village. Dans le cas de nos héros, l'enchaînement inattendu des événements les amènera à effectuer des opérations souvent bien supérieures à leur rang, ce qui leur permettra de progresser beaucoup plus rapidement que la moyenne.

Au sommet de la hiérarchie ninja se trouve le Kage ("ombre") qui correspond en quelque sorte au chef du village. Son nom complet dépend de l'emblème du pays qu'il préside : le feu (Hokage), le vent (Kazekage), l'eau (Mizukage), la foudre (Raikage) ou la terre (Tsuchikage). Au début du manga, quatre Hokage se sont succédés au village de Konoha, mais comme le quatrième a sacrifié sa vie pour sceller le démon-renard à neuf queues, le troisième Hokage a été contraint de reprendre sa place malgré son grand âge. Sandaime (littéralement : "le 3ème"), de son vrai nom Sarutobi, est à la fois le plus sage et le plus puissant de tous les Kage. Il aura un rôle majeur à jouer lors de la défense de Konoha contre Orochimaru.

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Sandaime est également reconnu pour avoir formé trois des plus puissants ninjas de Konoha qu'on appellera par la suite les Sannin (le trio légendaire). Il s'agit d'Orochimaru, de Jiraiya et de Tsunade. Ces trois personnages ont une importance majeure dans l'histoire de Naruto et sont traités dans une autre partie du dossier. Enfin, l'''ANBU'' est une unité d'élite qui constitue la garde personnelle du Kage. Chacun de ses membres porte un masque rouge et blanc qui évoque la tête d'un des animaux du zodiaque chinois.

La hiérarchie ninja est donc établie de la manière suivante :

	Rang	Type de mission
Kage (chef)	Missions de rang S
Sannin (ninjas légendaires)	Missions de rang S
ANBU (ninjas d'élite)	Missions de rang S
Jônin (ninjas de niveau supérieur)	Missions de rang A et S
Jônin spéciaux	Missions de rang A et S
Chûnin (ninjas de niveau moyen)	Missions de rang C et B
Genin (ninjas de niveau inférieur)	Missions de rang D et C
Aspirants ninjas	Pas de missions