Le monde dans lequel évoluent les personnages du manga Naruto trouve sa source dans le Japon de l'ère féodale, mais il comporte aussi bon nombre d'éléments issus de notre culture contemporaine. L'univers ainsi créé est donc assez particulier et n'a rien à voir avec celui qu'on connaît au travers des films de sabre japonais. Malgré tout, le manga reprend un grand nombre de notions propres à cette période de l'Histoire du Japon, comme la rivalité entre les différents clans ninjas. Chacun des cinq plus grands pays a pour emblème un élément naturel et dissimule un village caché qui abrite une armée de ninjas.

Ces villages cachés assurent la protection de leur pays en échange des fonds et des ressources nécessaires à leur subsistance. Bien qu'ils soient considérés comme les plus puissants, ces cinq grands pays n'interviennent pas tous directement dans l'histoire. D'autres clans, plus secrets, ont en revanche un rôle prédominant et sont évoqués de manière beaucoup plus fréquente. C'est le cas, par exemple, du pays du son (Oto no Kuni) et de son quartet ninja qui se chargera d'enlever Sasuke sur les ordres d'Orochimaru.