Persona 3 Portable est un jeu de rôle situé dans un univers typé manga. Vous incarnez un jeune lycéen fraîchement transféré dans un nouvel établissement et vous allez vous rendre compte que vous avez la faculté de voir des entités démoniaques : les Shadows. En réunissant un groupe d'alliés, vous devrez les combattre et utiliser votre alter ego mystique, le Persona. Le jeu mêle habilement votre vie d'étudiant le jour et de chasseur de démons la nuit.