Dans Mr. Prepper, le joueur doit se préparer à affronter la fin du monde. Pour survivre, il doit créer des salles sous-terre et en faire des serres, des salles qui abritent des fusées ou des produits dangereux. Le joueur peut faire du commerce avec ses voisins, mais doit éviter les autorités qui font leur enquête sur l'activité de Mr. Prepper.