Keio Flying Squadron sur Mega CD est un shoot'em up. Le joueur incarne Rami Nana-Hikari, une jeune fille dont la famille est détentrice d'un trésor depuis des siècles. Avec l'aide de son Dragon, Rami doit récupérer ce trésor, dérobé par le Dr Pon. Le jeu regorge de bonus de tirs alternatifs dont des modules de soutien incarnés par des mini dragons, qu'il est possible de sacrifier en derniers recours grâce à la puissante attaque Kamikaze.