Captain Toad Treasure Tracker est un jeu de plates-formes et de réflexion mettant en scène Toad le fameux bonhomme champignon de l'univers de Mario. Ce dernier se lance dans une aventure basée sur les stages spéciaux de Super Mario 3D World et doit désactiver les pièges qui l'entoure en se servant de la caméra pour changer la perspective. Il doit trouver la sortie mais également mettre la main sur les gemmes et pièces cachées qui parsèment les niveaux.