Trois semaines après les événements de Mega Man X5, Zero est toujours porté disparu mais un nouveau robot Maverick qui se fait appeler Zero Nightmare fait son apparition et sème le désordre et le chaos. X décide d'enquêter et de remonter jusqu'au créateur de cette nouvelle menace. Mega Man X6 reprend la recette des précédents volets. Dans ce jeu d'action plates-formes, vous traverserez donc huit nouveaux niveaux pour affronter autant d'adversaires inédits.