En fait il y a énormément d'indices dans le jeu qui nous le disent, souvent implicitement, mais la traduction n'aide pas du tout à le comprendre, car parfois en japonais c'est beaucoup plus clair. Notamment lorsque l'on affronte Jénova MORT au Labyrinthe Tornade, Sephiroth se retourne et saute vers nous, et le combat s'enclenche. Après celui-ci, Cloud dit qu'il commence à comprendre, que c'est Jénova qui orchestrait la Réunion, et que le vrai Sephiroth est en fait plus loin.
Ajouté à cela le fait que Sephiroth (Jénova) prend juste après l'apparence de Tifa pour tromper Barret ou Nanaki (celui à qui Cloud a confié la Matéria Noire), et toutes les allusions évoquant les pouvoirs de Jénova, notamment celle juste après cet épisode (qui dit, en fait, que Jénova se sert des souvenirs d'autrui pour changer d'apparence, de voix, et de manière d'agir) + le fait qu'Ifalna dit en vérité que Jénova est apparut aux Anciens en tant que "fantômes du passés" (car Jénova utilisait les souvenirs des Cetras vivants pour prendre l'apparence de leurs proches défunts, et ainsi les approcher).
Encore beaucoup d'autres indices le prouvent, mais je pense que c'est suffisant pour te convaincre pour le moment que les Sephiroth que l'on croise sont Jénova.
Hojo le dit lui-même au Labyrinthe Tornade lorsque l'on retrouve Sephiroth : "Mais je m'étais trompé. Jénova ELLE-MÊME s'est éloigné du Bâtiment Shinra."
D'ailleurs si quelqu'un était venu chercher Jénova, il y aurait un massacre non seulement au 67ème étage mais partout dans le Bâtiment, or le massacre commence juste à l'étage de Jénova, puisque c'est de là qu'elle se libère seule (sûrement selon la volonté de Sephiroth, qui peut interagir avec elle par le biais de sa tête, j'imagine).