Arf, y´a beaucoup de choses à dire. ^^
Linux et FreeBSD étant tous deux des dérivés d´Unix, les logiciels que tu trouveras dessus sont sensiblement les mêmes.
La différence majeure au niveau des logiciels disponibles est que les BSD disposent de moins de softs propriétaires que Linux (Le flash player d´Adobe© par exemple).
Sinon il y a effectivement un système de gestion des logiciels sous FreeBSD qui te permet soit de compiler tes softs (via les ports), soit de télécharger des packages binaires comme sous Debian.
Une des différences les plus appréciables sous les BSD par rapport au distributions Linux est que ce sont de véritables systèmes d´exploitation cohérents (noyau + système de base -- libc + outils fondamentaux tels que ls, top, tar, etc.) et pas seulement un noyau auquel on adjoint des bouts d´userland venant de par-ci, par-là.
Du coup le système de base est totalement décorrélé des applications tierces, ainsi tu peux avoir une base hyper stable (6.2-RELEASE par exemple) avec des les logiciels tiers à la pointe (Firefox-2.0.0.11, KDE-3.5.8, etc.). Ça te permet de ne pas avoir de mise à jour qui te nique complètement ton système.
Enfin, y´a plein d´autres trucs à dire, mais grosso modo tu trouveras toute réponse à tes questions ici :
http://www.freebsd.org/doc/en_US.ISO8859-1/books/handbook/