Bah çà ne coute rien de modifier le réglage hdparm, même s´il semble peu probable qu´il en soit la cause.
Pour modifier : hdparm -B 255 /dev/hda (à adapter selon votre disque dur, à placer dans rc.local j´imagine, mais bon ne connaissant pas ubuntu je ne saurais être plus précis). Il semblerait que cela corrige le problème selon certains, sur linuxfr
À noter que ceci désactive totalement l´économie d´énergie du disque dur, donc à utiliser prudemment...