Sérieusement 
y a rien du tout de compliqué!
Pour faire simple (parce que y en a qui prétendent avoir deux neurones):
Vous avez du remarquer qu'en plus du temps de la troisème croisade, vous vous retrouvez dans un univers plus récent..
La "vrai" histoire se déroule dans cet univers, ça doit être notre époque voir plus, vous vous retrouvez avec deux "scientifiques" (j'évite le spoil^^) qui vous parlent. Si y en a ici qui disent n'avoir rien compris à leurs explications, je peux les résumer plus facilement:
Le viellard vous dira que selon ses expériences, la mémoire serait héréditaire. Donc, vous qui etes un barman appelé Desmond Miles, vous avez la mémoire de votre ancêtre imprégné dans votre sang (en vérité, dans votre ADN). Vous remarquerez que vous etes sur une machine, elle s'apelle l'animus. Elle permet tout simplement de voir les souvenirs de vos ancêtres qui sont dans votre ADN. Le vieu veux juste une information précise de l'un des souvenirs de votre ancêtre, mais il n'arrive pas a y accéder. Donc pour vous habituer à l'animus, vous allez devoir charger des souvenirs un peu avant celui qui interesse le vieu pour ensuite pouvoir atteindre ce dernier souvenir progrssivement. Si vous vous posez des questions, ce dernier souvenir détiens juste une information que le veillard veut avoir, qui pourrait lui servir encore à son époque (je n'en dis pas plus^^).
Ensuite dans votre entrée dans l'animus, vous etes projeté dans les souvenirs de votre ancêtre: Altaïr. Altaïr est un grand assassin, un maître même, et si vous vous souvenez, au début du jeu vous etes dans une grotte (plus précisément: le temple de salomon à jerusalem). Vous etiez dans une mission, vous deviez récupérer un trésor, mais Altaïr dans son arrogance, fonça tête baissée et fut incapable de ramener le trésor. L'un de vos confrères parvint quand même à le ramener, mais à cause de vous qui n'avez pas agi discrètement, cela a entrainé une guerre! Robert desablé vous a attaqué, je pense que vous avez reussi à en terminer de cette petite bataille, et votre maître, al mualim, vous a abbatut à cause de vos infractions des trois preceptes des assassins.
Vous etes alors projeté de l'animus, et à votre retour dedans, le prochain souvenir vous retransfert pret de votre maître, il vous explique alors que la mort ne vous a pas emportée, mais que vous avez été déchu, vous n'etes plus un maître, vous devrez récupérer progréssivement votre équipement dans le jeu. Votre maître vous ordonne alors d'abattre 9 cibles, vous devrez donc passer d'enquète à assassinat pour remplir vos missions, et découvrir qu'elle est le secret qui unit ses hommes...
C'est vraiment pas compliqué, vous devez avoir compris là^^
