Après la réussite artistique d'Ōkami, et bien qu'Atsushi Inaba se défende de cet aspect de son jeu qui se veut avant tout ludique, Clover se remet au travail. Le studio donne naissance, fin 2006, à God Hand. Contrairement à Viewtiful Joe, ce beat'em all suscite des avis partagés, en dépit de ses indéniables qualités, et ne connaît qu'une sortie anecdotique en raison des tourments industriels qui agitent le studio. Contre toute attente, les ventes d'Ōkami et de God Hand s'avèrent décevantes, précipitant la chute du studio.
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Une annonce cinglante ne tarde pas à se faire entendre : « Dans le but de promouvoir une stratégie économique concentrée sur un secteur défini, et pour accroître l'efficacité de la force de production du groupe Capcom, la dissolution des studios Clover a été décidée lors de la dernière assemblée générale. »
Tel un couperet, le verdict s'abat sur Clover Studio, irrémédiablement condamné à disparaître. La date du 12 octobre 2006 promet de hanter à jamais les milliers de joueurs qui, trois ans durant, avaient suivi aveuglément l'une des équipes de développement les plus talentueuses ayant jamais existé. Cinq mois plus tard, l'ignoble sentence sanctionnait la triste déclaration : Clover Studio disparaissait à jamais, assassiné par Capcom lui-même.
À jamais ? Rien n'est moins sûr. Du trèfle décapité, deux petites graines subsistent, prêtes à renaître. En prévision du désastre promettant de faner Clover, Atsushi Inaba et Hideki Kamiya décident de quitter Capcom et fondent le studio Seeds le 1er août 2006. La métaphore est facile, seeds signifiant graines en anglais, mais elle est surtout lourde de sens. Le nouveau studio porte les germes de l'espoir, et avec eux tout le talent de Clover qui ne demande plus qu'à refleurir.
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Les fans sautent de joie, attendent, puis s'impatientent. Le studio semble peiner à se redresser et, en deux ans, seule une annonce filtre : celle d'un changement de nom qui transforme Seeds en Platinum Games. Amer constat. Le temps des Ōkami et autres Viewtiful Joe semble s'éloigner à jamais, et l'échec relatif de la louve blanche sur Wii consacre l'effacement progressif du spectre de Clover.
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