Les fans ont longtemps supposés que l'aventure était découpée en seize chapitres, hypothèse appuyée par un schéma présenté par Shin Ishikawa, le directeur de la version Xbox du jeu, qui montrait notamment que le chapitre 2 de Shenmue n'était présent dans aucun jeu. Il est en fait paru sous forme de manga, déblocable dans la version Xbox de Shenmue II. En 2010 Yu Suzuki annonce pendant la conférence de presse Shenmue City que son aventure est finalement découpée en onze chapitres, propos qu'il réitère en juin dernier sur Reddit.

Dans cette interview Yu Suzuki explique que Shenmue II ne couvre qu'une partie du chapitre 5, où Ryo rencontre Shenhua, et que sa suite se tiendra dans Shenmue III avec également le chapitre 6. La théorie la plus probable est que le premier chapitre serait le scénario du premier épisode de Shenmue, que le second correspondrait au manga, et que les troisième et quatrième chapitres ainsi que le début du cinquième formeraient la trame de Shenmue II. Onze chapitres étant prévus au total, cela indique qu'au moins un quatrième jeu Shenmue est nécessaire pour que l'histoire arrive à son terme, et plus vraisemblablement un cinquième voire un sixième.

En outre, Yu Suzuki révèle que la deuxième moitié du jeu incluera une toute nouvelle manière de jouer afin d'attirer de nouveaux joueurs. Shenmue III n'aura pas de fonctionnalités online et gardera l'esprit des premiers épisodes, tout en accentuant le côté Open-World afin de permettre aux joueurs d'explorer plus de lieux. Shenmue III est toujours prévu pour 2017 sur PC et PlayStation 4.