Le moment fatidique est arrivé : vous allez rencontrer le conseil. Depuis la station de monopod, avancez donc jusqu'à apercevoir l'ancienne coque robotique (le robot-aspirateur) de votre défunt copain Joey pour que se déclenche une cinématique.

Lors de celle-ci, vous allez enfin faire connaissance avec les cinq ministres. Cependant, vous allez également retrouvé l'ancien Joey (celui que vous aviez laissé dans le premier opus) et découvrir que ce dernier tire, en réalité, toutes les ficelles. En effet, vous apprenez que le conseil n'est qu'une création de ce Joey et ne sont donc pas des humains à part entière. Ceux-ci devant respecter la Directive.

Après votre discussion, Joey vous exhorte de continuer votre traitement dans le Spa de Réflexion pour que vous puissiez redevenir des amis . Attention cependant dans ce passage, vous n'aurez qu'une dizaine de seconde seulement pour réagir. Deux Traqueurs et deux androides sont alors envoyés pour vous arrêter. Pour vous sortir de cette situation en un seul morceau, sortez votre outil de piratage et utilisez-le sur les Traqueurs. Intervertissez les variables Ennemis et Androïdes des deux machines pour qu'elles en viennent à tirer sur les robots.

Cette opération réalisée, votre personnage réussira à se frayer un chemin vers la salle du Fauteuil Overmann afin de mettre un terme à toute cette histoire.

Avancez jusqu'à celui-ci et asseyez-vous. Vous allez rentrer, pour la troisième et dernière fois, dans le système MINOS.