Dans Fire Emblem Three House, une fois de plus, vous aurez un choix à faire pour déterminer dans quel camp vous jouerez. Vous pourrez jouer avec les Aigles de jais, les Lions de saphir ou les Cerfs d'or. Découvrez ici leurs particularités.

À l'instar de Poudlard, où les élèves sont répartis en différentes maisons, à l'Académie du Monastère de Garreg Mach aussi il y a une répartition, cette fois-ci faite librement par le joueur. Le joueur incarnera Byleth (homme ou femme, selon votre choix), un nouveau professeur à l'Académie. Celui-ci sera ainsi lié à une maison, et donc au territoire et élèves correspondant, ce qui aura un impact pour la suite du jeu.

• = Aigles de jais, Empire Adrestian =
• = Lions de saphir, Saint Royaume de Faerghus =
• = Cerfs d'or, Alliance de Leicester =