Troisième et dernière catégorie de navires sur Anno 1800, les vaisseaux dits « spéciaux » regroupent tout d'abord un bateau clé : le vaisseau amiral qui accompagne le joueur en toute circonstance. Celui-ci a plus l'avantage d'être un « hybride » en ce sens qu'il peut fonctionner avec ses voiles en début de partie puis à la vapeur lorsque la technologie est maîtrisée.

Les deux autres bateaux « spéciaux » sont le Great Eastern - que l'on ne peut obtenir qu'après commande particulière auprès de Rohit Bhargava, le maître armateur - et le navire de guerre pyrophorien, un bateau qui s'obtient suite à un accord de commerce passé avec les pirates.

	Nom	Coûts	Temps de construction	Maintenance	Prérequis
	Vaisseau amiral	-	-	0	-
	Great Eastern	80 , 40 , 40	30 mn.	-5000	-
	Navire de guerre pyrophorien	-	-	-600	-

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