Q.U.B.E. 2 est un jeu de type puzzle-game. Le joueur se mets dans la peau de l'archéologue britannique Amelia Cross alors que celle-ci se réveille sur une planète extraterrestre forcément étrange et inconnue. La bonne nouvelle pour Amelia est qu'elle peut compter sur le soutien d’Emma, une autre survivante avec qui elle tente de résoudre les énigmes posées par la structure monolithique consciente qui impose sa loi dans le coin.