Dans The Iron commando sur Super Nintendo, une météorite radioactive est entrée dans l'atmosphère de la Terre. Un groupe terroriste appelé GHOST tente de s'en emparer. La mission du commando Iron est de retrouver la météorite pour la détruire avant que GHOST ne l'utilise à des fins néfastes. De nombreuses armes sont disponibles pour venir à bout des ennemis : fusils, battes de base-ball, grenades, cependant elles s'usent rapidement.