Ganbare Goemon 2 est la suite des aventures de Goemon sur Super Nintendo. Le petit ninja et son ami Ebisu-maru sont cette fois-ci accompagnés du petit robot Sasuke dans leur voyage à travers le Japon médiéval. L'ennemi à chasser est désormais Goemon Impact, un robot géant qui sème le trouble au Pays du Soleil levant.