L'univers de Gunbird 2 est loin de l'univers "classique" des shoot'em up qui tend traditionnellement vers la science fiction. Ici, l'univers est bien plus fantastique. Les protagonistes du jeu vous annoncent en effet la couleur : Alucard est un sorcier au même titre que Marion mais nous trouvons également Valpiro, robot russe (lourdement) armé, Tavia, une jeune scientifique équipée d'un jet-pack ainsi que Hei-Cob, fakir utilisant bien évidemment un tapis volant comme moyen de locomotion !!! Ces personnages tous aussi loufoques les uns que les autres possèdent tous leurs propres motivations pour l'aventure qui les attend.
Dans cette aventure, vous devrez réunir les 4 éléments de la Médecine afin de pouvoir exaucer 1 voeu. De base, vous avez donc 4 fins différentes, mais chaque personnage a le choix entre 2 voeux à la fin (un normal pour le bien du monde et un plus personnel), ce qui nous donne un total de 8 fins différentes.