Après que la Tour Praxis soit tombée comme le 11 septembre, Jak est bannit D'Abriville et abandonné dans le désert mais accompagné de Daxter et de Pecker, par la suite Jak et Daxter gagneront leur citoyenneté de Spargus ( Pecker ayant toujours le meilleur rôle ) et ils conduiront des voitures dans le désert, massacreront des renégats débiles, sauverons des gens paumés dans le désert qui souffle tellement que même le vent s'emporte lui même !
Jak a toujours le côté éco noir mais a maintenant ce côté éco blanche qui peut ralentir le temps, se soigner, se bouclieriser et même voler !
L'éco noir perd certains pouvoirs du deux mais en gagne d'autres !
Daxter fera certaines missions comme piloter un missile en évitant de sauter avec ou passer par les tuyaux !
Le jeu gagne en variété mais est moins long et aussi moins dur vu l'éco verte à foison et les points de contrôle plus proche !