Shardlight vous plonge dans un monde post-apocalyptique où suite à une pluie successive de bombes, la maladie et la pauvreté ont envahit la planète. Les dirigeants, des Aristocrates, gardent alors pour eux la plupart des ressources et les vaccins pour lutter contre les maladies. Votre personnage s'engage alors dans une quête afin de trouver un remède contre un mal terrible qui ronge la population.