Microcosm sur Mega-CD est un jeu d'action à la première personne qui se déroule dans un univers futuriste. En l'an 2051, deux compagnies se livrent une guerre sans merci pour le pouvoir suprême. Lorsque le président de l'une d'elle, Anton Korsby, se fait injecter un virus, le dernier recours est d'aller dans son corps pour détruire l'infection de l'intérieur. Le joueur devra retrouver son chemin tout en débarrassant les lieux des organismes malveillants et du virus qui domine le cerveau de Korsb