Cyborg 009 est un jeu de plates-formes sur Mega Cd qui raconte l'histoire de 9 adolescents originaires des quatre coins du monde, enlevés par l'organisation criminelle Black Ghost afin de les transformer en cyborgs. Grâce à l'aide du Dr Isaac Gilmore, les 9 adolescents parviennent à s'échapper et décident de mener une lutte acharnée contre leur créateur.