Alshark sur Mega CD est un jeu de rôle prenant place dans un univers futuriste où l'humanité a conquis l'espace, éparpillant la civilisation sur de nombreuses planètes. Le joueur incarne Shiron, un jeune homme vivant sous le foyer familial. L'histoire débute lorsque le père de Shiron est assassiné par l'un de ses proches, apparemment contrôlé par un esprit maléfique. Shiron décide alors d'enquêter sur cette subite disparition et tente de retrouver l'esprit maléfique.