Sephonie est un plateformer 3D centré autour de son aspect narratif. Le joueur doit explorer l'île de Sephonie, grâce à l'immense réseau de grottes qui s'y étend. Le joueur y explorera gouffres ou encore grottes remplies de fleurs, en résolvant des énigmes permettant de se connecter aux créatures qui peuplent l'île.