L'histoire prend place en 2015. Le joueur incarne ici, le Protagoniste (dont le sexe est définit par le joueur) qui participe aux Grand Order (7 quêtes pour le Saint Graal) en étant envoyé dans le passé par Chaldea Security Organization pour corriger certaines anomalies qui ont pu causer l'extinction de l'humanité après l'année 2017.