A la différence de certains opus de la saga, Super Robot Taisen : Original Generation ne contient que des créations originales de son développeur Banpresto. Le joueur peut commencer cet épisode en incarnant au choix l'un des deux protagonistes proposés, chacun possédant son propre scénario. Pour la première fois de la série, le joueur peut customiser ses robots et choisir leurs équipements et leurs armes.