Scooby-Doo Mystery est l'adaptation Super NES du dessin animé du gros chien peureux des studios Hanna-Barbera. Scooby, Sammy, Fred, Daphné et Véra partent une nouvelle fois résoudre des affaires de fantômes. En contrôlant Sammy et accompagné de Scooby-Doo, vous devrez trouver des indices et les amener à Véra pour démasquer de faux fantômes dans un bateau, un cirque et un ranch. Attention à ne pas remplir la jauge de peur qui augmente à chaque fois que Sammy croise une bête ou un fantôme.