Phantom 2040 est l'adaptation sur Super Nintendo de la série d'animation éponyme, inspirée du comics The Phantom créé par Lee Falk. Lorsque Kit Walker Jr. apprend qu'il est le 24ème descendant d'une lignée de justiciers appelés Fantômes, il décide de poursuivre les efforts de ses ancêtres en combattant le crime qui a envahi Metropia. Le héros n'a pas de pouvoir extraordinaire mais est habile, robuste et fin tireur. Il se sert également d'une corde pour se déplacer et fouetter les ennemis.