Collar X Malice est un visual novel dans lequel vous incarnez un jeune policier chargé de démanteler une organisation secrète dangereuse dans la ville de Shinjuku. Alors que la situation dégénère et que vous vous retrouvez avec un collier empoisonné autour de votre cou, cinq mystérieux étrangers vont vous aider dans votre quête pour découvrir la vérité sur ces événements.