Dans Missile Command 3D sur Jaguar vous devez défendre la côte contre de mystérieux envahisseurs. Les ennemis arrivent du ciel et vous disposez d'une batterie de trois canons contenant chacun dix missiles pour les repousser. Une fois qu'un canon est vide ou détruit, il devient inutilisable et il faut alors bien gérer son stock pour éviter de mourir. Le jeu contient de nombreux niveaux à la difficulté exponentielle durant lesquels il faut protéger six villes des ennemis.