Les événements narrés dans Evolution 2 sur Dreamcast débutent six mois après ceux du précédent volet. Vous contrôlez la même équipe que dans le premier épisode à savoir Mag, Linear Canon, Gre Naid, ainsi que les aventuriers Chain et Pepper. Il s'agit toujours d'explorer d'obscurs donjons à la recherche d'artefacts cachés.