Pour les navires, une fois que tu as débloqué la technologie Chantier naval (ou un nom dans le genre) il te suffit de déplacer une armée dans l'eau, et elle embarquera automatiquement.
En somme, ça permet aux armées de se déplacer dans l'eau.
Pour les routes commerciales, dès que tu as acquis le bâtiment qui crée des routes commerciales dans tes villes (c'est la même recherche que pour les tours de guet, dans l'ère II, il me semble), tes différentes villes commenceront automatiquement à générer des profits en science et en brume.
Tu peux les voir dans l'onglet général (celui qui parle des traits de faction, l'assimilation de faction mineurs, etc).
Ensuite, si tu as les technologies diplomatiques adéquates (je crois qu'on peux partager des routes commerciales à partir de la paix), tu pourras demander aux autres empires de créer des routes commerciales avec toi (je crois qu'il y a même une distinction entre science et brume, je me rappelle plus du nom du traité).