Oui, le soucis doit venir du Fallout Launcher. F4SE fait le même job SKSE, c'est-à-dire qu'il lance le jeu directement sans passer par le launcher et sans modifier les fichiers de config, donc normalement c'est bon.
Faudrait que Bethesda rajoute la gestion des .esp sur leur launcher, comme pour Skyrim. Au moins pour les laisser actifs.