On appelle ça l'analyse khey
T'apprends ça en cours de français au lycée, mais personne fait attention a cette époque de la vie
basiquement, si tu te souviens des dissertations ou des commentaires de textes, c'est le même principe, même si tu peux faire une approche plus ou moins général ("analyse de harry potter") ou plus précis ("le traitement de l'amour dans harry potter")
Si tu veux faire ça je te conseille de faire une première lecture sans trop vouloir faire ça (même si a force tu le fais toujours un peu instinctivement, plus ou moins, meme quand t'es pas habitué en fait, rien que le fait de penser qu'un truc est "bien" ou "mal" ca découle déjà d'une analyse, superficielle ou non, que t'as fait pour toi meme) parce que c'est comme ça qu'on apprécie le mieux les choses normalement, une lecture naive on dit
Puis après pour l'analyse, t'as plusieurs axes, on pourrait même en fait autant qu'on veut, par exemple un mec qui se voudrait historien se pencherait peut-être sur l'histoire de la création de tel manga et sur son contexte, la vie de son auteur etc
En l'occurence tu peux avoir plein d'autres axes d'analyse mais ce que tu décris c'est évidemment plutôt l'analyse littéraire ou narrative je suis pas sur de comment catégoriser ça
mais pour être plus pertinent on double généralement ça d'une analyse de l'aspect visuel (pas sur de comment qualifier ça non plus), c'est à dire le style de dessin, le découpage, etc, enfin pourquoi pas
Quant à comment faire ça, déjà faut lire le truc, prêter un peu attention a ce que tu lis et normalement à la fin même si ça t'as pas chamboulé (c'est mieux quand ça te chamboule cela dit, perso j'ai du mal a faire ça avec des trucs qui me parlent peu) tu peux quand même comprendre 2 ou 3 trucs que l'oeuvre traitait, meme si c'est superficiel voire a coté de la plaque (ca arrive de comprendre de travers, c'est intéressant quand meme donc pas besoin de lacher le morceau
)
Par exemple imaginons tu lis one piece, et t'es particulièrement touché par la scene du merry, mais tu sais pas pourquoi
Disons que tu vas reflechir là dessus, puis pourquoi pas faire des recherches, tu vas lier ça au shintoisme qui donne des ames aux objets et des trucs comme ça, puis tu vas creuser encore et tu vas faire d'autres liens, a partir de là tu menes une reflexion ordonnée avec tes arguments et tes exemples : donc one piece a travers le merry met le shintoisme blablabla (je dis au pif lol) et donc on en conclut que one piece est profondément spirituel et le one piece est surement un temple shinto
ben c'est comme ça pour tout, les parties ça seert a ordonner ton raisonnement 
et donc pour appliquer ça y'a des méthodes, déjà prendre des notes sur ta lecture (ce qu'il s'y passe), prendre des notes sur ce que ça te donne comme "idée" de theme, reflexion, ce que tu trouves d'intéressant qui germe dans ta tete en gros
puis apres tu essayes de développer tes idées et tu regarde si y'a des trucs qui permettent de les justifier dans le manga (meme si en fait c'est l'inverse qu'il faudrait faire en bon scientifique) et tu en tires un raisonnement