On a vu quoi d'autre que ces trois organisations comme branche du gouvernement ? 
Ba...pour qu'un gouvernement fonctionne il faut autre chose qu'une armée 
L'armée va pas aller bien loin sans approvisionnement ni gestion ni institution 
D'ailleurs, si il n'y avait pas autre chose qu'une armée en dessous du Gorosei, l'existence du poste de Kong n'aurait absolument aucun sens.
Y'a sûrement d'autres dirigeants égaux à Kong qui ne sont pas des combattants. ( Celui qui ordonne à Dofla de tuer Moria à Marineford possiblement)
On peut conjecturer Vegapunk à la tête de la section scientifique déja.
Celui qui devait être à la tête d'Enies Lobby pour la Justice.
Après il y a sûrement bien sur d'autres institutions comme les finances qui prélevent les impots, ceux qui s'occupent des infrastructure etc enfin comme un vrai gouverment quoi 
Et pour les branches des forces armés sous l'autorité de Kong, en plus de la Marine, du CP et d'ID, il y a possiblement une armée de terre ou d'autres trucs.